Hasta su descenso en la temporada 2005-06. La mejor temporada de la historia del equipo fue la 2002-03, en la que se quedó a las puertas de clasificarse para la fase de ascenso a Segunda División B. En esa temporada el Atlético Tordesillas va a finalizar quinto clasificado empatado a 68 puntos con el cuarto clasificado el C.D. En la siguiente semana, el equipo de Zamora pinchó al empatar con el Valencia en Vallecas.
