Las divisiones inferiores de Independiente están categorizadas por edad, dividiéndose en: Cuarta, Quinta, Sexta, Séptima, equipacion atletico de madrid Octava y Novena División. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. Comenzó a competir en el primer campeonato en 1986 y continuó en la categoría hasta 1989. Entre 1990 y 2000 estuvo retirado del certamen.
