Hasta 1960 no logra el Atlético su primera Copa, derrotando al Real Madrid y en Chamartín por 3-1 (rival contra el que repite gloria al año siguiente ganándole 3-2). En el 61 siguiente conquistan la Recopa en Stuttgart ante la Fiorentina y en el 64 Vicente Calderón -su presidente más mítico- se hace con las riendas de la entidad. El 26 de noviembre de 1939, el club evitó el descenso a la segunda división española, tras vencer por 3 a 1 al Club Atlético Osasuna, en un partido de promoción.