El propio Milito se hizo cargo de la dirección técnica del club en 2016, equipacion atletico de madrid 2022 permaneciendo en el cargo sólo seis meses pero sentando las bases de un equipo en formación. Con estas dos bajas sensibles, y jugando casi la totalidad de los dos partidos con un hombre menos por dos polémicas expulsiones ordenadas por el VAR, Independiente perdió la Recopa Sudamericana 2018 contra el campeón de la Libertadores, Grêmio, aguantando muy bien la ofensiva de los brasileños, e incluso con chances de ganarlo, pero la serie terminó en empate y los de Porto Alegre ganaron en la definición por penales en el Arena do Grêmio.
